Az operatív törzs döntéseinek alapját képező adatok nem ismerhetők meg, nem másolhatók le, de még bírósági eljárásban sem csatolhatók. És ez nem csak a járványügyi, hanem az azóta felállított egyéb operatív törzsekre is érvényes.
A kormány az információszabadságról szóló törvényre hivatkozva rendeletet hozott, melynek értelmében a veszélyhelyzet vagy egészségügyi válsághelyzet során létrehozott operatív törzs „feladat- és hatáskörébe tartozó döntés meghozatalára irányuló eljárás során készített vagy rögzített, a döntés megalapozását szolgáló adat” nem számít nyilvánosnak. A rendelet már a Magyar Közlönyben is megjelent és hétfő este 11 órától hatályba is lépett, és a már folyamatban lévő eljárásokban is alkalmazni kell. Vagyis az, hogy pl. a koronavírus járvány idején felállt operatív törzs mit mérlegelt és mi alapján döntött, legkorábban 2030-ban lesz megismerhető, mivel az ülések dokumentumai tíz évig titkosítva lettek.
A hvg.hu szerint a kormány a lap állam ellen indított bírósági perének közepén írta át a szabályokat, mivel az operatív törzs döntéseivel összefüggően még januárban titkosítási botrány robbant ki, amikor a HVG közérdekű adatigényléssel az operatív törzs összes üléséről készült jegyzőkönyv vagy feljegyzés, jelentés kiadását kérte, eredménytelenül. A perben a következő tárgyalási nap október 18-án lesz és a lap korábban arra kérte a bíróságot, hogy kötelezze az operatív törzset a koronavírus-járvány ideje alatt tartott ülései jegyzőkönyveinek kiadására, miután a szervezet előzőleg közérdekű adatigénylésükre ezt megtagadta arra hivatkozva, hogy a dokumentumok szerinte még mindig döntés-előkészítő iratok.
A friss rendelet szerint az Operatív Törzs döntéseinél készített, rögzített, a döntés megalapozását szolgáló adattal (különösen a döntést előkészítő jegyzet, feljegyzés, beszámoló, jelentés, jegyzőkönyv adatai) összefüggésben indult közigazgatási hatósági vagy bírósági eljárásban az adat az iratokhoz nem csatolható, arról másolat nem készíthető, az – legfeljebb az eljárás sikeres lefolytatásához szükséges mértékben – kizárólag az adatot kezelő közfeladatot ellátó szervnek az adatkezelés helyszínéül szolgáló helyiségében tekinthető meg.
A kormány a koronavírus magyarországi megjelenése után, 2020. március 11-én hirdetett járványügyi veszélyhelyzetet, majd a pandémia későbbi hullámaira hivatkozva azt újra és újra meghosszabbította, mielőtt a különleges jogrend 2022. május 31-én megszűnt. A kormánynak már több (például nemzetbiztonsági, gazdaságvédelmi, aszály veszélyhelyzeti) operatív törzse is van. Furcsa módon az ukrajnai háború miatt idén május 24-én kihirdetett háborús veszélyhelyzet adta felhatalmazásra hivatkozva változtattak, holott a háborúnak és az emiatti veszélyhelyzetnek semmi köze a perben érintett, 2020. január 31-e, és 2021. november 25-e közötti 159 ülés jegyzőkönyveihez.